زمینه و هدف: با توجه به حساسیت کم آزمایش مستقیم با مرکب چین و کشت برای تشخیص مننژیت کریپتوکوکی به کار بردن تکنیک های حساس لازم می باشد. در این مطالعه از روش PCR Polymerase Chain Reaction برای تشخیص کریپتوکوکوس نئوفورمنس به طور مستقیم از نمونه مایع مغزی نخاعی Cerebrospinal fluid استفاده گردید که بتوان توان تشخیصی را در مواردی که روش های قارچ شناسی ناتوان است افزایش داد.روش بررسی: مطالعه از نوع توصیفی - مقطعی بوده و تعداد 25 نمونه CSF بیماران دارای علایم مغزی مشکوک به مننژیت کریپتوکوکی که در طول سال 1388 به آزمایشگاه قارچ شناسی دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی تهران فرستاده شده بودند تحت آزمایش مستقیم با مرکب چین، کشت و PCR قرار گرفتند. مرحله دوم کار تهیه دو رقت 102 و 106 از کریپتوکوکوس نئوفورمنس در یک میلی لیتر CSF و مقایسه سه روش آزمایش مستقیم، کشت و PCR بوده است.یافته ها: در بررسی میکروسکوپی نمونه ها با مرکب چین تنها یک مورد مثبت شد و هم چنین آزمایش مستقیم هر دو رقت 102 و 106 مثبت گردید. نمونه ای که آزمایش مستقیم آن مثبت شده بود، کشت آن نیز رشد نمود. کشت هر دو رقت 102 و 106 نیز مثبت گردید. در بررسی با PCR تنها همان نمونه ای که آزمایش مستقیم و کشت آن مثبت شده بود از لحاظ مولکولی مثبت شد. PCR هر دو رقت 102 و 106 نیز مثبت گردید.نتیجه گیری: روش راه اندازی شده (PCR) توانست نمونه های کنترل و نمونه مثبت را به خوبی شناسایی نماید.

لطفا برای مشاهده چکیده به متن کامل (pdf) مراجعه فرمایید.

سابقه و هدف: سالمونلا انتریکا سروتایپ تیفی، باکتری مولد بیماری تب تیفوئید می باشد که سالانه بیش از 16 میلیون نفر در جهان به آن مبتلا میشوند و حدود 600 هزار نفر نیز در اثر آن می میرند. روش های کلاسیک تشخیص این بیماری اغلب وقت گیر می باشند و از حساسیت کافی برخوردار نیستند. هدف این مطالعه، ارایه نوعی روش مولکولی واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR: Polymerase Chain Reaction) برای تشخیص سریع و انجام اقدام های درمانی - بهداشتی مناسب و به موقع است.مواد و روش ها: در این مقاله تحقیقاتی ژن اختصاصی viaB مربوط به باکتری سالمونلا تیفی، هدفگذاری و از نرم افزار Generunner، برای طراحی پرایمرهای اختصاصی استفاده شد. واکنش PCR ژن فوق با استفاده از ژنوم باکتری استاندارد (PTCC 1609) انجام و ویژگی روش نیز با استفاده از ژنوم انواعی از نمونه های کنترل منفی تعیین گردید. به منظور ساخت کنترل مثبت، تعیین حساسیت و حد تشخیص، کلونینگ محصولات PCR در وکتور پلاسمیدی pTZ57R/T انجام گرفت.یافته ها: الکتروفورز محصولات PCR، باندی به طول 441 جفت باز را برای ژن viaB نشان داد. نمونه های کنترل منفی مورد استفاده هیچ باندی ایجاد نکردند. کلونینگ محصولات PCR در وکتور pTZ57R/T با استفاده از PCR، هضم آنزیمی و تعیین ترادف تایید گردید.بحث و نتیجه گیری: پرایمرهای طراحی شده برای ژن viaB در این روش میتواند با حساسیتی حدود 19 کپی از ژنوم برای شناسایی این ارگانیسم به کار رود و با ردیابی سریع و دقیق باکتری، از ایجاد عوارض پایدار و ناخواسته جلوگیری نماید.

هدف: تایید تشخیص کلستریدیوم سپتیکوم با استفاده از پرایمرهای اختصاصی به روش (PCR) در بین کلستریدیوم های جدا شده از مدفوع گوسفندان منطقه ارومیه.طرح: مطالعه آزمایشگاهی.نمونه ها: 28 سویه کلستریدیوم جدا شده از صد نمونه مدفوع گوسفندی منطقه ارومیه.روش: نمونه برداری از مدفوع تازه گوسفندی، انجام آزمایشات استاندارد میکروب شناسی برای جدا سازی کلستریدیا، استخراج DNA از سویه ها، انجام PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده از قطعه ژنی آلفا - توکسین.نتایج: آزمون بر روی تمامی 28 سویه به اضافه سویه واکسنی کلستریدیوم سپتیکوم به عنوان شاهد مثبت و سه تیپB,C,D  از کلستریدیوم پرفرنژنس به عنوان شاهد منفی انجام گردید. پس از انجام عملیات استخراج DNA با پرایمر اختصاصی قطعه ای از ژن همولیزین کلستریدیوم سپتیکوم (توکسین آلفای باکتری) عملیات PCR صورت پذیرفت. هر شش سویه کلستریدیوم سپتیکوم  به اضافه سویه واکسن در ژل آگارزباند 270 جفت بازی را از خود نشان دادند که به عنوان قطعه مورد نظر در ژن همولیزین کلستریدیوم سپتیکوم تلقی گردید. تمامی گونه های دیگر کلستریدیای استفاده شده، با این پرایمر منفی بودند.نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست امده، می توان پیشنهاد استفاده از روش PCR با پرایمرهای اختصاصی برای تشخیص سریع و اختصاصی کلستریدیوم سپتیکوم را توصیه نمود.

اورنیتوباکتریوم رینوتراکئال (ORT) به صورت یک عامل بیماریزای باکتریایی نوظهور در گله های ماکیان و بوقلمون شناخته شده است. تشخیص عفونت ORT با برخی مشکلات در کشت و شناسایی قطعی باکتری با کمک خواص بیوشیمیایی آن مواجه بوده است. دسترسی به یک روش شناسایی قطعی و قابل اتکا که بتواند در پژوهشهای آزمایشگاهی متداول بکار آید، حایز اهمیت می باشد. هدف از این مطالعه شناسایی ORT به روش زنجیره ای پلیمراز (PCR)، درمقایسه با روش کشت بود. به منظور راه اندازی این PCR از پرایمرهای OR16S-F1 و OR16S-R1، باکتریهای شناخته شده ORT و 7 گونه باکتری دیگر، نظیر هموفیلوس پاراگالیناروم و پاستورلا مولتوسیدا، به ترتیب به عنوان کنترلهای مثبت و منفی استفاده شد. روش استخراج فنل و کلروفرم برای تهیه DNA از نمونه ها به کار رفت. 60 نمونه تجمیع شده بدست آمده از نای و سینوس زیر چشمی 30 گله جوجه گوشتی کشتار شده در یکی از کشتارگاههای منطقه قزوین، از نظر آلودگی به ORT با هر دو روش کشت و PCR بررسی شدند. یک باند 784 جفت بازی در 5 نمونه کنترل مثبت ORT، 19 مورد از 60 نمونه اولیه، شامل 11 نمونه هموژنیزه نای و 8 نمونه سواب سینوس زیر چشمی و در تمامی17 نمونه باکتریهای جدا شده و مشکوک به ORT دیده شد؛ ولی در 7 مورد باکتری کنترل منفی مشاهده نگردید. در یک مورد از 41 نمونه اولیه منفی شده در PCR، باکتری ORT با کمک کشت جداسازی گردید و این باکتری تکثیر شده در آزمایش مجدد PCR مورد شناسایی قرار گرفت. پانزده مورد از 30 گله (50 درصد) در آزمایش PCR مثبت تشخیص داده شدند و تنها یک مورد از آنها در کشت باکتریایی منفی شد. بر اساس نتایج بدست آمده؛ PCR بکار رفته در این مطالعه می تواند برای شناسایی مطمئن و سریع ORT در نمونه های مشکوک به عفونت ORT استفاده شود، اما بهتر است که به منظور به حداکثر رساندن تشخیص عفونت، با روش کشت توام باشد.

زمینه و هدف: کلوستریدیوم دیفیسیل عامل کولیت با غشای کاذب و اسهال وابسته به آنتی بیوتیک کسب شده از بیمارستان، به روش های فنوتیپی و مولکولی تعیین نوع می شود. هدف از این بررسی مطالعه پراکندگی ریبوتیپ های این ارگانیسم در محدوده جغرافیایی و در زمان مورد نظر بود.روش کار: در این بررسی 18 سویه از بیماران بخش های مختلف بیمارستانی در لهستان در سال های 1381 - 82 مورد آزمایش حساسیت به وانکومایسین و مترونیدازول قرار گرفت. نمونه ها با نور فرابنفش و لاتکس آگلوتیناسیون تعیین هویت مجدد شده و وجود توکسین های A و B مشخص شد. با استخراج DNA و تکثیر آن بوسیله واکنش زنجیره ای پلیمراز و الکتروفورز، ریبوتیپ آنها تعیین گردید.یافته ها: همه سویه ها به وانکومایسین و مترونیدازول حساس بوده و کلنی همه آنها در مقابل نور فرابنفش فلوئورسانس زرد مایل به سبز نشان دادند. همه سویه ها از نظر لاتکس آگلوتیناسیون مثبت گردیدند. هفت سویه از نظر وجود توکسین A مثبت بود. از نظر توکسین B همه موارد غیر از یک مورد مثبت شد. در تعیین ریبوتیپ مولکولی کلوستریدیوم دیفیسیل مشخص شد که این سویه ها متعلق به7 ریبوتیپ 12، 14، 17، 18، 29، 70 و 90 بوده و ریبوتیپ 17 (%61) از همه بیشتر بود.نتیجه گیری: در هر منطقه ای ریبوتیپ های خاصی از کلوستریدیوم دیفیسیل از شیوع بیشتری برخوردار بوده و برای مطالعات اپیدمیولوژیک تعیین ریبوتیپ های این کلوستریدیوم ضروری است و بهتر است سویه های شایع این ارگانیسم در مراکز بهداشتی و درمانی ایران نیز شناسایی شده و جهت پیگیری های اپیدمیولوژیک، ریبوتیپ آنها تعیین شود.

زمینه و هدف: لپتوسپیروز یک بیماری، مشترک انسان ـ حیوان با شیوع قابل توجه در جهان است. چون درمان فقط در روزهای اول بیماری موثر است، تشخیص درست و سریع لپتوسپیروز بسیار با اهمیت است. رشد میکروب بسیار کند است و به دلیل نبود آنتی بادیهای اختصاصی در هفته اول بیماری، سرولوژی نیز ناکارآمد است. بنابراین واکنش زنجیره ای پلیمریزاسیون (PCR) تنها راه تشخیص زودرس است. در این مطالعه حساسیت و دقت روش PCR متعارف در تشخیص سریع لپتوسپیروز در نمونه سرم مربوط به هفته اول بیماری ارزیابی شده است.روش کار: در این مطالعه تعداد 70 نمونه سرم واجد شرایط و اخذ شده در هفته اول بیماری از افرادی که علایم بالینی مشکوک به لپتوسپیروز داشتند و آزمون مرجع (میکروآگلوتیناسیون) نمونه سرم بار اول آنها منفی و نمونه بار دوم آنها مثبت بود (تبدیل سرمی که دال بر تشخیص قطعی بیماری است)، مورد مطالعه قرار گرفتند.یافته ها: در این مطالعه نتیجه PCR در 24 مورد مثبت بود. حساسیت این روش %74.5 و دقت آن 100 باکتری در هر میلی لیتر سرم بود.نتیجه گیری: این مطالعه نشان می دهدPCR  تنها روش سریع برای تشخیص لپتوسپیروز در هفته اول بیماری است ولی حساسیت آن خیلی بالا نیست، در حالی که روشهای دیگر کاربرد ندارند.

تحقیقات بر روی DNA در تشخیص، کنترل و درمان بسیاری از بیماری ها ازجمله سرطان اهمیت ویژه ای دارد. امروزه استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز دیجیتال قطره ای (ddPCR) برای آزمایشات مختلف بر روی DNA توجه محققان زیادی را جلب کرده است. برای انجام ddPCR به تعداد زیادی قطره با ابعاد میکرونی نیاز است. در مطالعه حاضر، یک سیستم ddPCR با استفاده از تراشه میکروفلوئیدیکی طراحی، ساخته و ارزیابی شد. این سیستم شامل یک تراشه میکروفلوئیدیکی برای تولید قطره و یک دستگاه تامین کننده چرخه های حرارتی مورد نیاز در PCR است. تولید قطره در ریزتراشه به صورت سه بعدی شبیه سازی شد. نتایج شبیه سازی اعتبارسنجی شد. خطای متوسط در شعاع قطرات تولیدشده حدود 5% است. دستگاه چرخه حرارتی ساخته شده، دمای تراشه را با دقت 1/5± درجه سانتی گراد کنترل می کند. فرآیند PCR درون تراشه با اعمال 25 چرخه حرارتی با موفقیت انجام شد. در اکثر قطرات خاصیت فلورسنت مشاهده شد که اثبات می کند دستگاه چرخه حرارتی شرایط تکثیر DNA را در آزمایشگاه به خوبی فراهم کرده است. تصاویر پردازش و سطوح مختلف نور فلورسنت در قطرات شناسایی شد. ضریب تغییرات قطرات انتخاب شده در برنامه پردازش، برابر با 2/5% است که در مقایسه با حالت قابل قبول برای این نوع سیستم ها (کمتر از 8%) دقت مطلوبی را ارایه می دهد. نتایج به دست آمده از این دستگاه کاملاً بومی، می تواند در زمینه های متعددی ازجمله تشخیص سرطان، بررسی بافت سرطانی و ارزیابی موفقیت عمل بافت برداری استفاده شود.

گونه Phytophthora inundata به تازگی توصیف شده و به علت خصوصیات ریخت شناختی و حداکثر دمای رشد غیرعادی، شناسایی آن دشوار است. این گونه با سایر گونه های بیمارگر گیاهی جنس Phytophthora که بدون پاپیل و گرماپسند هستند، اشتباه می شود. در این بررسی برای شناسایی P. inundata شیوه ای بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه ای از جدایه ها مربوط به میزبان های مختلف که نماینده تنوع موجود در توالی نواحی رمزگذار و فاقد رمز این گونه بودند، مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس توالی های جداکننده نسخه برداری شده داخلی یک و دو و ژن 5.8 اس مربوط به دی ان ای ریبوزومی (آی تی اس)، ژن پروتئین مقاوم به شوک حرارتی 90، ژن های پروتئین پیوسته تریوزفسفات ایزومراز/گلیسرآلدئید سه فسفات دی هیدروژناز و هم چنین ژن پروتئین 60 اس ریبوزومی ال 10، برای گونه مذکور ده عدد آغازگر واکنش زنجیره ای پلیمراز اختصاصی طراحی گردید. برای ایجاد بیشترین اختصاصیت و کارآیی، دمای جفت شدگی و زمان گسترش برای هر جفت آغازگر بهینه سازی گردید. برای ارزیابی آغازگرها از 28 گونه دیگر فیتوفتورا که از نظر ریخت شناختی و مولکولی تایید شده بودند، استفاده شد. در اغلب موارد هیچ یک از مجموعه آغازگرها قادر به فزون سازی دی ان ای خالص سازی شده از گونه های Phytophthora غیرخودی نبودند. واکاوی ها نشان داد که بهترین نامزد برای شناسایی جدایه های P. inundata مجموعه ITS-I1 می باشد که از ترکیب آغازگرهای ITS-IF1 و ITS-IF2 تشکیل شده است. دمای جفت شدگی بهینه برای این مجموعه 69 درجه سانتی گراد و بهترین زمان گسترش 40 ثانیه می باشد. به نظر می رسد استفاده از واکنش زنجیره ای تودرتو با استفاده از مجموعه ITS-I1 به همراه آغازگرهای عمومی ITS4 و ITS6 به عنوان آغازگرهای خارجی حداقل 50 برابر حساس تر از روش سنتی است. اصل مقاله به صورت متن کامل انگلیسی، در بخش انگلیسی قابل رویت است.